제2차세계대전 중인 1943년 3월, 영국의 암호해독 센터의 비밀 분석가들이 나치의 유보트가 이니그마 암호를 바꿨음을 알게 된다. 당국에서는 예전 암호를 풀었던 톰 제리코를 기용해 바뀐 이니그마 암호를 다시 깨려고 한다. 영국 암호센터 내부에 스파이가 있을지도 모른다는 우려와 함께 톰의 여자 친구 클레어가 사라진다. 톰은 클레어의 친한 친구 헤스터 월레스를 통해 클레어의 사생활을 조사하게 되고, 클레어의 비밀을 알게 되는데...