C.E.75, 전쟁은 여전히 계속되고 있다. 독립운동, 블루 코스모스의 침공… 사태를 진정시키기 위해 라크스를 초대 총재로 내세운 세계평화감시기구 컴퍼스가 창설되고, 키라와 부대원들은 컴퍼스의 일원이 되어 각지에서 벌어지는 전투에 참여한다. 그런 와중에 신흥국 파운데이션이 블루 코스모스의 본거지를 공격하는 합동 작전을 제안한다.