레이버라는 기계가 사람이 하던 일을 대신하기 시작하는 1999년. 신종 범죄인 레이버 범죄를 단속하기 위해 기동경찰 패트레이버가 탄생한다. 한편 도쿄에서는 바람이 불 때 발생하는 저주파를 이용한 바이러스가 등장하여 모든 레이버를 감염시킨다. 수천대의 레이버가 폭주하는 가운데 메인 컴퓨터의 바이러스를 제거하기 위해 패트레이버가 출동하는데...