성악설과 성선설의 진부한 논쟁...나뭇잎 마을이 정체불명의 공병단의 공격을 받는다. 하늘은 나는 닌자들로 구성된 공병단은 놀랍게도 멸망한 것으로 알려져 있던 하늘의 나라 닌자들. 예기치 못한 공격에 나뭇잎 마을은 초토화 일보 직전까지 가고 5대 호카게 츠나데는 닌자들을 소집해 하늘의 나라 닌자들에 대항한다. 나루토 또한 전투에 참가하기 위해 가던 중 부상당한 나뭇잎 마을 사람들을 치료해주고 있던 떠돌이 의사 신노와 맞닥뜨리게 되는데...