미국정부로부터 해체 통보를 받게 된 최첨단 첩보기관 IMF. 에단 헌트를 포함한 팀원들은 모두 뿔뿔이 흩어지게 되고, 정체불명의 테러조직 신디케이트는 IMF 전멸 작전을 펼친다. 신디케이트에게 납치 당한 에단 헌트는 의문의 여인 일사의 도움을 받아 극적 탈출에 성공하고 다시 팀원들을 불러 모은다. 리더 에단 헌트부터 전략 분석요원 브랜트, IT 전문요원 벤지, 해킹 전문요원 루터, 그리고 정체를 알 수 없는 일사까지. 다시 모인 그들은 역대 가장 위협적인 적 신디케이트에 맞서는 불가능한 미션을 펼친다.