고대 이집트에서 신으로 숭배받았던 최초의 돌연변이 아포칼립스가 오랜 잠에서 깨어난다. 초능력을 흡수해가며 수천년을 살아온 아포칼립스는 스톰, 사일록, 아크엔젤 그리고 매그니토에게 자신의 힘을 나누어준 뒤, 그들과 함께 현재의 세상을 뒤엎고 새로운 세상을 건설하려 한다. 찰스 자비에와 미스틱은 아포칼립스의 지구 종말 계획을 알아채고, 진 그레이, 사이클롭스, 퀵 실버, 나이트크롤러 등 젊은 돌연변이들과 함께 아포칼립스에 대항한다.