쥬라기 공원이 폐쇄된 지 4년 후, 과거 DNA 추출로 공룡을 부활시켰던 해먼드 박사는 공원이 폐쇄된 후에도 그 섬에서 조금 떨어져 있는 섬의 B 구역이라는 공룡 생산공장을 두고 있었다. 그러던 중 휴양을 떠났던 관광객들이 어느날 공룡의 습격으로 사고를 당하면서 이 섬에 관심이 집중된다. 해먼드에 의해 B 구역에 공룡생산공장이 있다는 놀라운 소식을 들은 말콤 박사는 사고 탐사 목적으로 파견된 여자 친구를 찾기 위해 섬으로 떠난다.