천년에 한 번 혜성이 내리는 밤, 당신의 소원이 이루어진다! 포켓몬마스터가 되기 위해 여행하고 있는 지우와 피카츄 그리고 웅이는 호연지방에서 새로 만난 친구 봄이, 동생 정인이와 함께 이동식 놀이공원 [포켓몬파크]에 도착한다. 천 년에 한 번 나타나 7일 동안만 볼 수 있다는 [천년혜성]을 보기 위해 기다리던 지우와 친구들은 최고의 인기 마술사 [버틀러]의 마술쇼를 보게 되고, 그 곳에서 비밀이 숨겨진 [신비한 돌]을 만나게 된다. 그런데 신기하게도 정인이에게만 [신비한 돌]의 목소리가 들려오고...! [천년혜성]이 밤하늘에 나타나자 어마어마한 일이 벌어지기 시작하는데...! [천년혜성]과 [신비한 돌]에 숨겨진 비밀의 정체는 과연?