돌연변이성 장관인 엑스맨 출신 비스트는, 제약 재벌 워렌 워딩턴 2세가 돌연변이 유전자를 영구히 제거하는 신약을 개발했으며 이를 빼내려던 매그니토의 오른팔 미스틱이 체포됐다는 보고를 받는다. 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 진 그레이가 회생하여 돌아오고 자비에는 그녀의 숨겨진 이중자아 피닉스의 부활을 예감, 위험을 경고한다. 모든 상황을 인내해야 한다고 주장하는 엑스맨의 리더 자비에 교수와 적자생존의 법칙을 신봉하는 매그니토의 대립된 의견이 시험대에 오르고, 이는 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.