전작 `우주전함 야마토 완결편`에서 폭풍 혹성 `아쿠아리우스`에 가라앉은 전함 야마토를 다시 재건해서, 정체불명의 블랙홀로 부터 지구를 지키기 위해 분투한다는 내용. (후속편이 예정되어 있었으나, 원작자 사망 및 개봉 후 혹평 등 복합적 이유로 후속편은 기대하기 힘든 상황. 본 작품 이후 '우주전함 야마토 2199' 가 실질적인 리부트로 평가되고 있음)