어느 날, 교도소가 폭파되는 사고가 발생하자 ‘에드’와 ‘알’ 형제는 그 곳으로 향하게 되고 거기서 ‘멜빈’이라는 탈옥수와 대치하게 된다. ‘멜빈’이 사용한 미지의 연금술로 인해 ‘에드’와 ‘알’은 그를 놓치게 되고, 신비로운 연금술의 비밀을 풀기 위해 이를 조사하던 중 ‘멜빈’에 대한 단서를 얻게 된다. 그러던 중 ‘멜빈’이 얼마 전 ‘아메스트리’라는 나라에 밀입국하려다 체포된 크레타인 ‘줄리아’와 관련이 있다는 사실을 알게 되자 그녀를 찾기 위해 ‘크레타’라는 나라와 국경을 접하고 있는 ‘테이블 시티’로 떠나게 되는데...