초자연적인 현상을 믿으며 영감에 의한 수사를 하는 FBI 요원 멀더. 그리고, 이성적인 판단 하에 과학적인 분석을 고집하는 지적인 요원 스컬리. 어느 날, FBI요원이 실종되는 사건이 발생하고 뒤이어 벌어지는 의문의 살인사건… 사건의 실체를 밝히기 위한 멀더와 스컬리의 숨가쁜 추적이 시작되고 진실에 가까워질수록 믿을 수 없는 현실만이 눈앞에 펼쳐진다.